Το Ελληνικό Μεσογειακό Πανεπιστήμιο (ΕΛΜΕΠΑ) παρέχει μεταπτυχιακή εκπαίδευση μέσω ολοκληρωμένων προγραμμάτων σπουδών στους τομείς της Διοίκησης και Οικονομίας, των Μηχανικών, των Εφαρμοσμένων Επιστημών, των Γεωπονικών Επιστημών και των Επιστημών Υγείας. Πιο συγκεκριμένα, τα μεταπτυχιακά προγράμματα που προσφέρονται είναι τα ακόλουθα:
- Διοίκηση Επιχειρήσεων Φιλοξενίας και Τουρισμού (Σχολή Επιστημών Διοίκησης και Οικονομίας)
- Χρηματοοικονομική Διοίκηση (Σχολή Επιστημών Διοίκησης και Οικονομίας)
- Τεχνολογίες Ήχου και Μουσικής – Sound and Music Technologies (Σχολή Μουσικής και Οπτικοακουστικών Τεχνολογιών)
- Γεωπεριβαλλοντικοί Πόροι και Κίνδυνοι – Master in Geoenvironmental Resources & Risks (Σχολή Μηχανικών)
- Ενεργειακά Συστήματα (Σχολή Μηχανικών)
- Ηλεκτρονικά Συστήματα Τηλεπικοινωνιών & Αυτοματισμών (Σχολή Μηχανικών)
- Μηχανικών Πληροφορικής – Informatics Engineering (Σχολή Μηχανικών)
- Προηγμένα Συστήματα Παραγωγής, Αυτοματισμού και Ρομποτικής (Σχολή Μηχανικών)
- Lasers, Πλάσμα & Εφαρμογές – Lasers, Plasma & Applications (Σχολή Μηχανικών)
- Οργάνωση και Διοίκηση για Μηχανικούς (Σχολή Επιστημών Διοίκησης και Οικονομίας και Σχολή Μηχανικών)
- Εφαρμοσμένη Επιστήμη και Τεχνολογία στη Γεωπονία (Σχολή Γεωπονικών Επιστημών)
- Προηγμένη Κλινική Πρακτική στις Επιστήμες Υγείας (Σχολή Επιστημών Υγείας)
- Τεχνολογίες Προστασίας Περιβάλλοντος (Προσφέρεται από το Τμήμα Χημείας του Πανεπιστημίου Κρήτης σε σύμπραξη με τη Σχολή Μηχανικών του ΕΛΜΕΠΑ)
- Δι-ιδρυματικό Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών (ΔΠΜΣ) “Νανοτεχνολογία για Ενεργειακές Εφαρμογές” (Τμήματα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών & Μηχανικών Υπολογιστών και Ηλεκτρονικών Μηχανικών του ΕΛ.ΜΕ.ΠΑ. , τα Τμήματα Χημείας και Επιστήμης & Τεχνολογίας Υλικών του Πανεπιστημίου Κρήτης και το Ινστιτούτο Ηλεκτρονικής Δομής και Λέιζερ του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας)
- Λογιστική & Ελεγκτική (Τμήματα Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής της Σχολής Επιστημών Διοίκησης και Οικονομίας του ΕΛΜΕΠΑ και Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής της Σχολής Επιστημών Διοίκησης Επιχειρήσεων του Πανεπιστημίου Μακεδονίας)
- Διοίκηση και Ψηφιακός Μετασχηματισμός (Σχολή Επιστημών Διοίκησης και Οικονομίας)